Utilización del gen 18s, como marcador genético para la identificación molecular de diatomeas epilíticas

Abstract

Las comunidades de diatomeas se encuentran presentes en todos los sistemas acuáticos siendo altamente sensibles a cualquier cambio en el estado ecológico, en particular a la concentración de los nutrientes, es por esta razón que son usadas como bioindicadores de la calidad de agua. Para ello, se han realizado identificaciones morfológicas que requieren de gran habilidad microscópica y el uso de guías taxonómicas. Para reducir la complejidad de identificación se han implementado herramientas moleculares basadas en códigos de barras genético que ayudan a complementar el biomonitoreo de los cuerpos de agua, siendo el mayor limitante para su uso la falta de secuencias de diatomeas epilíticas en el Ecuador. El presente trabajo estuvo enmarcado en evaluar el uso potencial del gen 18SV4 como código de barras de ADN en diatomeas epilíticas del Ecuador, evaluando y comprobando su capacidad de discriminación entre las especies y la factibilidad de usar cebadores universales. Para ello fue necesario analizar las secuencias depositadas en el NCBI, de diatomeas epilíticas de diferentes orígenes, por medio de su alineamiento usando el programa UNIPROGEN determinando la región que presenta variabilidad interespecifica, y las zonas flanqueantes que permiten su amplificación en todas las especies. Se establecieron cultivos de diatomeas en el medio de cultivo CHU # 10, para poder realizar los análisis moleculares, extracción de ADN y amplificación por PCR. No se pudo obtener un cultivo puro por lo que el trabajo se realizó con un cultivo mixto de algas verdes y diatomeas en el que se observaron por microscopia cuatro especies de diatomeas, que fueron identificadas con el uso de guías taxonómicas. Se extrajo el ADN del cultivo por dos métodos: Protocolo de Kit de aislamiento de ADN Power Soil y el Protocolo de extracción buffer, se establecieron las condiciones para la amplificación por PCR y finalmente se realizó una DGGE que permitió separar las bandas de ADN de 3 de las 4 especies presentes en el cultivo: Gomphonema langenula, Gomphonema parvulum, Navicula cataracta-rheni y Nitzchia acidoclinata